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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO装饰胆固醇质组新技术给出!构造 最新上线SUMO化胆固醇质组数据文件库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化呈现一种更重要的汉语翻译后呈现,SUMO碳原子凭借在E1活性酶、E2结合在一起起来酶和E3相连酶的通过下共价结合在一起起来无论物蛋清赖氨酸残基上,在控制值物滋生、养分的信号进行和胁迫发应中起着更重要帮助。SUMO化蛋清和SUMO呈现的整个过程中有关系酶的短缺都是引发值物滋生特别乃至死亡视频,这取决于SUMO化呈现在调结值物滋生發育的整个过程中起着层面帮助。主要是因为现有在值物中被司法鉴定结论出的SUMO化蛋清用户较少,然后SUMO 化在值物中的丰度较低且各式各样性较高,故此司法鉴定结论SUMO化蛋清和 SUMO化位点是是极具试炼性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程副教授(拜谱生物体媒体合作科学研究家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以创建好几个种第二步赖氨酸不足SUMO含有技术,建设方案了不一样的草本植物SUMO化营养物质质组数值库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文音标一个题目:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

汉语主题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

发表文章杂志期刊:Nature Plants

作用细胞因子:15.8

研究分析基本思路

图1的研究难点图

探究报告单

01、拟南芥K0-SUMO1球胆固醇成分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,我进一部能够改进的两步来完成亲和生物富集具体方法进行质谱浅析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化突显蛋清质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化呈现蛋白质和位点的认证

成了确认自身的SUMO1球蛋白,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并实现了身体实验操作。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以查证SUMO化掩盖位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的体内查证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热启用核脂肪酸组的化学发光法更加

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT核氨基酸组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 对于TMT的参考值营养物质质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱个人心得体会

本研究从核脂肪酸组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以创建的一种灵巧度越来越高的SUMO化血清纯化和质谱判断的方法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热促发蛋白质化学发光法特别表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化淡化营养物质质组是我局地方特色淡化产品设备,适用高品效率的丰度的技术、尖部的Astral实验室设备可保证 SUMO化营养物质和位点的高品效率验出。此外,王鹏程教援对于拜谱专家组团班子,在食品科研开发工作中为我局可以提供职业觉得和专业指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

参考价值学术论文:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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