
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抵抗能力动物群炎症因子聊天、寡核苷酸呈现生产成本激昂或实操步奏缜密。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯副教授团队协作在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低直接费用、跨动物群、全手机平台兼容的全新解决方案。
论文期刊介绍
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由我们学科性院基因显性基因与阴茎发育海洋植物学钻研所和我们基因显性基因学好承办的全球学术交流探讨中文核心中文核心学术期刊论文,专注于于通讯报道健康学科性和中医药学基因显性基因学业务前沿技术的全球散文网性钻研收获。JGG 202几年度决定细胞7.1,Scopus学术交流探讨中文核心中文核心学术期刊论文评介评价指标CiteScore 9.9,名列JCR 202几年度GENETICS & HEREDITY业务前沿技术Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY业务前沿技术Q1区,名列我们学科性院中文核心中文核心学术期刊论文划分海洋植物学种类别1区(Top中文核心中文核心学术期刊论文),基因显性基因学和什么是生化与大分子海洋植物学小类双1区。BIOPROFILE
任何是HEATag
恰当的“二融合”设定
HEATag是由凝集素和HUH内切酶具有的凝固淀粉酶
「确定器」摸块 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化装饰(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「接器」接口 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)字段方形码去共价接。
“1+1>2”的疗效:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样表标出与可追溯。
Fig1: HEATag众多标示设计原理展示图
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实操产品检验
HEATag真的有多用打?
是可以在各不相同条件下,控制母乳喂奶哺乳动物人体神经细胞系单人体神经细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。论述人员为 HEATag 使用了多轮 “压力值测量”,从生殖人体细胞系到生殖人体细胞质,从恒温到温度,从新鲜范例到不稳界定范例,全定位效验它的不稳界定性和安全性。
首先轮考试而对辅乳软体动物血人体细胞系系:研究深入分析员工考虑了来于人、鼠、仓鼠两个动物群的4类血人体细胞系(HEK293T、K562、MEF、CHO),在温度下要 HEATag 箭头后混合型测序。从而出售的 11447 个血人体细胞系中,85.66% 都能完成 HEATag 条型码精确性输入到原动物群,范本间交叉重合环境污染极低,UMAP 聚类深入分析深入分析也是直观证明怎么写,HEATag 条型码与动物群特男人遗传基因组特证极度相符。 随后,测量情况进一点在线升级:科研技术人员测试在 4℃下记号最新的上皮人体癌细胞膜、在制冷下记号甲醇稳定上皮人体癌细胞膜,因此随便记号上皮人体癌细胞膜。效果照样真视:所有情况下,样品标签贴与鱼类数据均有很不错的涉及到的性,拆成准确性率超 95%。即使是甲醇稳定会造成的中度的转录本交差污染破坏,上皮人体癌细胞膜化学合成有 一少部分 RNA 因为流失,上皮人体癌细胞膜多种类型的引用效果照样与最新的样品实现完全一致,材料 HEATag 都可以记号不一样的治理情况下的科学实验样品。
Fig2: HEATag 可在各不相同要求下已完成单神经细胞转录组混样深入分析
也能标签母乳喂养食草两栖动物和海域无脊梁骨食草两栖动物的原代神经细胞
倘若说生殖组织系测试英文是 “前提题”,那组织化模板就算 “扣除题”, 某些模板都因生殖组织类缜密、自然环境适应环境性特种,是图标枝术的 “突破点”,而 HEATag 恰恰恰在某些 “突破点” 上彰显了优势与劣势。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸结构,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞不光能被更准确判别,所有的最主要的细胞膜多种类型的聚类分析最终都清淅可辨。
更令人惊喜的是HEATag对海洋环境动物的兼容性测试性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 长条码与外来物种转录组具备有较高完全独立性,并没有会出现因高盐工作环境促使的 “箭头失灵”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可满足蒲乳期节肢动物组织性范例几吨 scRNA-seq 浅析
Fig4: HEATag可实现了鲜美海上无脊椎神经动物界许多 scRNA-seq 深入分析
HEATag与細胞的紧密结合没有造成转录组的有效变化
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在来完成标上钓鱼任务的一起,不易对险遭的转录混合物析导致要素,有保障了研究探讨资料的真是性。
Fig5: HEATag不会影响样表的 RNA 展现经营模式
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未來可期
HEATag 能为单神经细胞探究带给啥子?
HEATag 的使用价值,远只有于 “缓解符号毛病”,它的机灵性和普遍性,在为单上皮细胞科研加载更加多将性
从利用情况看你
HEATag 能覆盖面从 “方便相当了解”(如癌企业与一般企业、药物治疗加工与对应)到 “广泛化论述”(如企业体体细胞图谱绘制图、mtk量消费需求)的全时间范围消费需求。跟着 PIP-seq、Stereo-cell 等新型产品可拓展方法的进展,HEATag 还能进一部增加单体体细胞论述的通量,助推成果转化微商团队做好更广泛化的活动。从跨邻域前景一起来看
HEATag 不只是使用作转录组学,还能与表观基因组组学、蛋白酶质组学、的空间组学等新技術紧密联系,进行定制网站数据库索引和寡核苷酸编码序列,HEATag 应该随意融进有所不同的组学流程图,不决定网络信号采集的深度。一起,应用于HEATag还应该进步单癌细胞糖组学研究探讨新技術。BIOPROFILE
合作项目动图
拜谱怪物与陈凯传授取得基本媒体合作购房意向
引起喜爱的是,在 HEATag 水平展流露出出巨形软件app竞争力的背景图片下,拜谱微微生态学已与南方城市浅海小学科学与建设项目惠州市深入分析室(长沙 )陈凯先生形成过程合作协议相关。夫妻双方记划开始讨论 HEATag 水平的企业化立式、教育研究项目转化成等朝向开始厚度警税,带动这个降低成本费用、跨外来物种的单肿瘤体神经元标志水平迅速软件app于事实教育研究项目情景,为非常多深入分析室给予效率高、经济发展的单肿瘤体神经元深入分析用具,推助教育研究项目本职工编辑在肿瘤体神经元微微生态学、浅海微微生态学、常见疾病机制化等方向授予非常多挑战