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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出很广的生物制品特异性，涵盖抗恶性肿瘤和抵抗毒意义。平常，三萜是经由甲羟戊酸行业制作而成的，并从先天仿真植物和白色念珠菌中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习整形论文。该学习知道三萜类氧化物虫草酸（GA）是按照药液培養的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学流量转化发生的。可以通过转录组和球蛋清组学技术应用设备进一大步探索世界无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT发生多种野生野生灵芝酸（GA）的共识机制，并结合多个学技术应用设备探测到的一定的差异性什么是基因和一定的差异性球蛋清，推断出DHT 生态学转化成 GA 的途经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和职能分级

依据对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做转录组测序共到67230个转录本和142915个单DNA。在这个单DNA中，49两个被评定为异同展示DNA（DEGs），当中213个展示上浮，279个展示降低（图1A）。GO生物体丰度研究后，DEGs分类生物体进程（BP）、内部组成成分（CC）和团伙功能性（MF）3类。在BP品类中，诞生了前二个子品类：抗菌素化解分泌进程，冰醋酸盐分泌进程和甲酸盐分泌进程;而在CC品类中，内部外区、突触符合体、突触组成部分是前二个亚类。相对MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、氧化反应重置酶活力和酸氨（或酰胺）连到酶活力是前二个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG径路研究中，前30条生物体丰度度高的径路含有27条隶属于分泌，当中甲烷气体分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌网络信号径路有明显生物体丰度（图1D）。

图1|转录成分析和功用归类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

借助对无柄灵芝粉细菌菌丝体实行核苷酸质组学解析，一共选定了16,457种特点肽、2606种核苷酸质和2588种一定量核苷酸质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选要求下，我在这2606种核苷酸质中，94种被签定为对比介绍表现核苷酸（DEPs），这里面52种调涨，42种变动（图2A），图2C显视了对比介绍表现核苷酸的聚类算法解析热图。从GO解析来说，BP类属显视，绝大大部分数DEPs积极参与乙酸盐分泌整个步骤、抗生素类可可分解分泌整个步骤和中药可可分解分泌整个步骤。CC类DEPs在人体人体人体上皮细胞外区、过被非金属氧化反应物酶体和微体中占有率最低，被氧化反应还原系统酶菌物和甲酸脱氢酶（NAD）菌物在MF类中DEPs的比例图最低（图2B）。与转录组然而类同，KEGG环路解析显视，大多DEPs在分泌中含有，这里面3条最含有的渠道是光合菌物中的碳一定、碳分泌和MAPK移动信号环路（图2D）。最后，借助解析GO的网站数据库的CC对DEPs实行亚人体人体人体上皮细胞手机定位解析和注解（图2E），DEPs关键区域在人体人体人体上皮细胞质（40.66%）、人体人体人体上皮细胞质（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs菌物提炼的关键地址。

图2|蛋白酶质组的化学发光法分享和基本功能核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物应用和对比组得票率DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个距离把你想展示出来遗传dna（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组一共的DEGs/DEPs对其进行聚类算法定量探讨，发展mRNA和血清质之間有16个上浮遗传dna和6个下降遗传dna，DEGs和他英译的DEPs把你想展示出来技术呈正想关，系统设计Pearson的想关指数定量探讨，在转录组和血清质组之間监测到相对于较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试结论表示，E组和C组14个DEGs的表答水准差异化偏态，至少9个为上浮DEGs，6个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答市场需求与转录酚类化合物析结论完全一致。

图3|血清质组的参考值定性分析和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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